Свою історію школа веде з ХХ століття. Як свідчать архівні документи, вона була заснована 1906 року в с. Вишняківка Анінської волості Єлисаветградського повіту Херсонської губернії. Заснована, як школа грамоти. За даними на січень 1907 року у школі навчалось 34 учні (17 хлопчиків та 17 дівчат). Навчав грамоти вчитель М.Курдюмов, який з 18.10.1906 р. був призначений завідуючим школою. Школа мала своє приміщення, яке надавалось безкоштовно сільською управою. Опалювалось приміщення соломою, та дровами. Навчання в школі розпочиналося 20 листопада і закінчувалось у Великий піст на страсній седмиці. Вступити в школу можна було під час навчального року. Курс грамоти був розрахований на 2-3 роки. Існував поділ на групи. Була група новачків і тих, хто вже мав навички. Вивчались молитви, Закон Божий, письмо, рахунок, співи, короткі пояснення Богослужіння та таїнства церкви. За данними архіву бібліотеки при школі не було. В 1907 р. в школу грамоти прийнятий нова вчителька Торопъ.О., яка пройшла курси гігієни, тим самим цей  курс тепер вводився і в школі. З 1914 року введено курс гімнастики і школа налічувала 50 учнів (22 хлопчика та 28 дівчат).

        На жаль, саме приміщення школи не збереглося. В роки фашистської окупації вона згоріла і після війни, в 50-тих роках  була відновлена в звичайних сільських хатах с.Вишняківка по вул.Молодіжна 5 була заснована 7-річна школа, а через декілька років перейшла в 8 –річну. А також, була викуплена ще одна хата по вул. Центральна 20,  де навчалися молодші класи. Першим директором відновленої школи був Ірха Іван Михайлович, сам він проживав  по вул.Молодіжна 7, де знаходиться нині Вишняківська сільська рада. З 1962 року директором школи був призначений Капустяненко Іван Михайлович, місцевий житель. В 1968 році знову на посаду директора повертається Ірха І.В., а Капустяненко став заступником директора школи.

      В кінці 60-х років розпочинається будівництво нового приміщення школи, під керівництвом Чернієнко І.О. Будували за стандартним планом розробленим Кіровоградською облстройорганізацією  на кошти колгоспу, головою якого на той час був Мотузенко Іван Свиридович. Школу будували декілька років, за свідченнями жителів села будівництво постійно затримувалось .

         Відкрито приміщення нової школи 1 вересня 1972 року, директором було призначено Нельченко Марію Арсеньєвну. Школа була 8-річна, на навчання прийшло 75 учнів,існували групи подовженого дня.  З 1978 року школа стає з 10-річним начанням.  З 1981 року директором навчального закладу був Дудка Олекій Іванович. В 1989 році директором призначено Запорожця Віктора Васильовича, який викладав фізичну культуру. З 2000 р. до 2012 р. директором школи працював Паламарчук Анатолій Георгійович, який викладав українську мову та літературу.

         З січня 2013 року директором школи призначенно Мазуріка Андрія Миколайовича. З січня 2017 року школа з мінює назву на Вишняківську загальноосвітню філію Комунального Закладу "Карлівське НВО". З 15 січня 2018 року завідуючим філії призначено Синєока Руслана Сергійовича.

          Сьогодні в нашій школі працює 18 вчителів та навчається 41 учень.